BNPP mempunyai tugas menetapkan kebijakan program pembangunan perbatasan,menetapkan rencana kebutuhan anggaran, mengoordinasikan pelaksanaan, dan melaksanakan evaluasi dan pengawasan terhadap pengelolaan Batas Wilayah Negara dan Kawasan Perbatasan.

• Penyusunan dan penetapan rencana induk dan rencana aksi pembangunan Batas Wilayah Negara dan Kawasan Perbatasan.
• Pengoordinasian penetapan kebijakan dan pelaksanaan pembangunan, pengelolaan serta pemanfaatan Batas Wilayah Negara dan Kawasan Perbatasan.
• Pengelolaan dan fasilitasi penegasan, pemeliharaan dan pengamanan Batas Wilayah Negara.
• Inventarisasi potensi sumber daya dan rekomendasi penetapan zona pengembangan ekonomi, pertahanan, sosial budaya, lingkungan hidup dan zona lainnya di Kawasan Perbatasan.
• Penyusunan program dan kebijakan pembangunan sarana dan prasarana perhubungan dan sarana lainnya di Kawasan Perbatasan.
• Penyusunan anggaran pembangunan dan pengelolaan Batas Wilayah Negara dan Kawasan Perbatasan sesuai dengan skala prioritas.
• Pelaksanaan, pengendalian dan pengawasan serta evaluasi dan pelaporan pelaksanaan pembangunan dan pengelolaan Batas Wilayah Negara dan Kawasan Perbatasan.